Eclipse ile yaptığın Android uygulaması Native bir uygulamadır. Adobe Flash ile yaptığın uygulama değildir. :)
Farklı bir bakış açısı ile örnek: Wordpress ile hazırladığın web sitesi Native web sitesi değildir, ama Dreamweaver ile sıfırdan kendinin hazırladğı web sitesi Native'dir
Bir native uygulama yazdığın zaman işletim sisteminin kaynaklarına erişebiliyorsun. Bunu donanım kaynakları / yazılım kaynakları olarak düşünebilirsin. Aynı şekilde var olan built-in metodlara, sınıflara erişip onlardan faydalanabiliyorsun. Örnek vermek gerekirse native bir uygulamada telefonun / tabletin sahip olduğu kamera, mikrofon, gesture recognizer gibi input / output kaynaklarını kullanabilirsin. Bunun yanı sıra responsive bir web sayfasında sayfa sana hangi olanakları veriyorsa kullanıcı sadece onlarla yetinmek durumunda. Native uygulama yazabilmen için işletim sisteminin çalıştıracağı dilde yazman gerekiyor. Örneğin iOS platformu için Objective-C dili kullanılıyor.
Gözlemlediğim kadarıyla Native App kavramı mobil web' in gelişmesi ile ortaya çıktı. Masaüstü için yazılmış web sitelerini mobilden görüntülemek zor olduğu için insanlar ya responsive tasarım / mobile layout kullanmaya başladı ya da native uygulamar yazdı. Diğer yandan istersen native bir uygulama yazıp içine web sayfası da koyabilirsin bu da bir başka durum :).
Diğer cevaplara ek olarak neden natite uygulama diye bir kavramdan bahsedildiğiyle ilgili bir şeyler söyleyeceğim. Günümüzde web sayfası yapar gibi yapılmış web tabanlı uygulamalar da mevcut. Örneğin PhoneGap ile yapılmış projeler böyle uygulamalar. Bunlar native uygulama olarak adlandırılmıyor. Diğer cevaplardaki gibi sistemle aynı dilde yazılan uygulamalara da native deniyor. :)
Platformuna göre değişir.
Android'de C++ ve Java,Windows Phone 8'de C++,iOS'da Halil Bey'in dediği gibi objective-c birer native uygulama yazmaya yönelik programlama dilleridir.
Native Uygulama geliştirmenin en büyük avantajı Cihazın yeteneklerine ve bilgilerine erişebilmesidir.
native uygulama sistemle aynı dilde yazılmış uygulamalama denilebilir. Örneğin bir ios uygulamasında xcode ile yazılmış objective-c uygulaması bir native uygulamadır.
