Gürkan Selam,
Konu hakkında hiç çalışmadım ve projeye de rastlamadım ancak öneri olarak Linux tabanlı sistemlerde shell script kodu yazarak terminal çagırman, terminalde otomasyon kod sistemi çalıştırman mümkün. Java sanal makina olduğu için kernele erişim kütüphanesi fonksiyonu olduğunu sanmıyorum. Bütünleşik bir sistemde farklı dilleri birleştirerek gidebilirsin. Windows kısmında işi zanımca C++ fonksiyonları ile çözülür. işletim sistemlerinin çekirdek yapılarını incelemeni ayrıca tavsiye ederim.
Yeditepe Üniversiteden Hocam Gürhan Küçük compiler theory'ler üzerinde çalşıyor, alanında bildiğim en uzman kişilerden. Konu hakkında mail atarsan sana daha çok yardımcı olucaktır sanıyorum. Zorlayıcı ve hoş bir projeye benziyor. Başarılar dilerim.